El incremento del cáncer anal en poblaciones de alto riesgo estimula a la implementación de protocolos para efectuar el diagnóstico precoz, así como el seguimiento de la neoplasia anal intraepitelial de alto grado como lesión precursora. Desde el punto de vista citológico, estas lesiones pueden definirse de forma similar a las lesiones del cérvix uterino, y por lo tanto, puede utilizarse la clasificación de Bethesda que diferencia varias categorías: epitelio normal, lesión escamosa intraepitelial de bajo grado, lesión escamosa intraepitelial de alto grado, células escamosas atípicas de significado indeterminado y células escamosas atípicas no excluyentes de lesión de alto grado. Esta diferenciación citológica entre lesiones escamosas intraepiteliales de bajo grado y de alto grado tiene una correspondencia histológica cuando se analiza la biopsia efectuada en el canal anal, que es la herramienta fundamental para el diagnóstico de la neoplasia intraepitelial anal. En este contexto, se hace referencia a la citología anal como recurso de gran utilidad para el cribado de las lesiones intraepiteliales anales.