Fundamento: El profesor de estomatología para cumplir con su encargo social debe poseer las competencias docentes básicas necesarias para que los estudiantes participen y construyan su propio aprendizaje de acuerdo a las tendencias actuales de la Educación Médica. Objetivo: Identificar las deficiencias existentes en las competencias docentes de los profesores. Método: Investigación de desarrollo cuanti-cualitativa de la carrera de Estomatología, que comprende desde el año 2006 a diciembre 2007. El universo estuvo constituido por 25 profesores que impartían las asignaturas propias de la profesión, se analizaron variables como: años de graduados, experiencia, categorías docentes, preparación pedagógica y competencias docentes. Se aplicaron varios instrumentos a estudiantes, profesores y directivos del proceso y se constituyó un equipo de peritos que funcionó como un grupo nominal. A partir de la información obtenida se diseñó un sistema de acciones capacitantes. La información de los datos se procesó empleando el paquete de programas SPSS versión 15.0 para Windows. Resultados: Se demostró que existían dificultades en el desarrollo de las competencias de los profesores, que influye negativamente en la calidad de la docencia, principalmente en el logro de la comprensión de los objetivos por los estudiantes, en los métodos de enseñanza que conlleva a una pobre investigación pedagógica. Conclusiones: Las dificultades que se presentan en el desarrollo de las competencias docentes inciden en la calidad de los profesionales en formación. Esta investigación se revela como una alternativa viable ante el reto de modelar la figura del profesional de Estomatología que requiere el Sistema Nacional de Salud.